二次供水设施日常管理维护不善
二次供水设施长期不清洗，供水管道存在跑冒滴漏现象，浪费水资源，供水水箱受损，生锈严重，检修口加锁、加盖、加防护网罩不到位，谁都能随意接触水体，而且也防不住老鼠、蚊虫等;屋顶水箱的二次污染。
二次供水水箱长期不清洗消毒
供水水箱(水池)长期不清洗导致池内有害藻类滋生、细菌繁殖，甚至有杂物，或清洗后未及时进行水质检测，清洗质量是否合格无法保证。按照规定水箱每半年必须清洗一次。
供水系统管理单位法治意识淡薄
二次供水系统日常无专人管理;管理人员不进行定期健康检查，清洗人员无证上岗，缺乏卫生知识。管理制度不健全或无卫生管理制度。
二次供水系统材料选用不当，存在着金属污染问题
很多老式住宅所用的水箱都是铁皮、钢板做成，内壁没有涂衬，时间长了水和铁皮、钢板会发生反应，产生锈浊，蓄水的水箱和运输水的水管老化生锈，以致一些老住宅区有时刚拧开水龙头就会出现水质发黄的现象，二次供水出现水中的铁超标。一些入住率不高的新建住宅小区，由于蓄水池水循环减少，时间长了，水中灭菌用的游离性余氯容易快速挥发，造成蓄水池里的细菌繁殖较快。一些小区二次供水出现污染，一方面是历史遗留问题，老住宅小区里输水管道多年老化生锈，以致有时原本清洁的自来水受到管道里的铁锈污染，水质无法得到保障。另外是供水设施脱节无法做到统一，从泵房到水池再到住户家里，供水管道由房开公司自行安装，建设项目层层转包以致自行安装的水管质量无法得到保障，为以后的供水安全带来隐患。
二次供水系统中贮水设备的结构不合理
二次供水系统设计或施工不规范，选址不当，没有按照室内给水排水设计及施工规范的要求进行。水池构建设计不合理，地下贮水池池口低于地面，检修口与地面齐平，没有排污口及排气孔，雨水随时都会流入水池;部分水在贮水设备中停留时间过长，与水池连接的各条管道接驳高低不合理，导致“死水区”或短路;蓄水池的溢流孔、通风孔设置不合理，溢流管直接排人生活污水管网，导致污水管道内的各种病菌进入池内造成污染;通风孔的防护性差，导致尘、虫进入池内;地下蓄水池与化粪池间隔距离不符合国家规定的10米间距;池盖大部分为木板包铁皮，经多年铁皮生锈，极易引起水质污染。